Rounds Game. Taistellaan yksittäisiä, sarjastakin tuttuja, taisteluita kiinteillä kokoonpanoilla ja yritetään edetä seuraavalle kierrokselle voittamalla kaikki vastustajat. Aloittelijaystävällisin pelimuoto, jonka pelaaminen ei edellytä välttämättä sarjan katsomista.
Campaign. Juonella varustettu kampanja, joka tarjoaa vaihtoehtoisen lopun Majisuka Gakuen -sarjan 2. tuotantokaudelle. Kampanjassa liikutaan kartalla, jossa yritetään suorittaa tehtäviä, löytää uusia parempia pelihahmoja ja kerätä kokemuspisteitä. Kokemuspisteillä voi puolestaan ostaa pelihahmoille uusia erikoistaitoja, jotka ovat kullakin hahmolla erilaiset. Pelaaja saa vapaasti valita ryhmän, joka taistelee taistelut. Kartalla liikkuessa tulee satunnaisia taisteluita sekä tietyissä kohdissa karttaa myös kiinteitä pomotaisteluita. Pelitilanteen voi tallentaa kartan tallennuspisteissä, jotka on merkitty "S":llä. Vaikeustasoksi voi valita joko "normal" tai "easy", ja taistelut kannattaa säätää kampanjassa nopealle "fast". Kampanjaa on tähän mennessä toteutettu kolme chapteriä, mutta neljäs julkaistaan ihan muutaman päivän sisällä.
Leagues Game. Pelaaja aloittaa alimmasta liigasta ja tavoitteena on lyömällä kunkin liigan mestarit nousta aina ylempään liigaan ja lopulta lyödä ylimmän liigan mestarit. Leagues Game on pelimuodoista taktisin, sillä myös ennen taistelua tehtävällä taktikoinnilla on ratkaisevaa merkitystä. Finaalia lukuun ottamatta pelaaja näkee aina tulevat vastustajat ennen taistelua ja voi valita vapaasti pelihahmot kyseiseen taisteluun. Kun hahmoa käytetään taistelussa, täytyy tämän huilata 1 tai useampi kierros ennen kuin tämä voidaan valita uudelleen taisteluun, mikä on myös huomioitava. Käyttämällä kaikki parhaat voimat yksittäisessä taistelussa, voittaa luultavasti helposti sen, mutta ottaa sitten herkästi dunkkuun parissa seuraavassa.
Voittamalla kierroksen saa pisteitä, mutta häviämällä menettää saman verran. Häviö ei ole game over, mutta kannattaa kuitenkin voittaa enemmän kuin hävitä, sillä mikäli pisteet loppuvat, loppuu pelikin. Kerätyillä pisteillä voi palkata lisää taistelijoita ja pisteitä tarvitaan myös kunkin liigan mestarien haastamiseen. Joka viides vuoro tulee uusia hahmoja palkattavaksi, mestarit on mahdollista haastaa ja myös pelitilanteen voi halutessaan tallentaa. Leagues Game:a on toteutettu kolme alinta liigaa: copper league, bronze league ja silver league. Leagues game ei periaatteessa edellytä sarjan katsomista, mutta aivotoimintaa edellytetään.
Two Player Match. Taistellaan kaveria vastaan samalla koneella. Aikaisemmissa erissä käytettyjä hahmoja ei voi valita enää uudestaan seuraavaan erään. Mikäli kaveri on selvästi huonompi pelaaja, voi asetuksista antaa tälle tasoituksia kuten enemmän pelihahmoja per kierros tai oikeus valita hahmon ensin.